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PubMed Central

De Wicri Manuel
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Cette page devrait introduire des éléments concernant l'utilisation du service PubMed Central de la NLM dans des actions éditoriales sur le réseau Wicri.

Exemple introductif

Dans le réseau Wicri un travail d'exploitation de PubMed Central est en cours de réalisation. Des premiers résultats sont visibles sur le serveur d'investigation sur l'hypertexte du wiki H2PTM.

La version V3 de ce serveur donne accès à un ensemble de 1000 notices, principalement accessibles à partir de l'url :

Utilisation pratique de PubMed Central

Extraction de corpus pour un serveur d'investigation

Les serveurs d'investigation sont basés sur un traitement des données issues de PubMed sous le format Xml. Pour obtenir un tel corpus, il faut procéder ainsi :

  • se connecter sur le service PubMed Central :
  • raffiner sa recherche en utilisant l'onglet advanced,
  • téléverser les résultats en utilisant :
    • l'onglet : « Send to », avec le choix « file » et le format XML
  • (ne pas oublier de noter la stratégie de recherche, en copiant l'url finale par exemple)

Repérage de documents PubMed Central dans un corpus PubMed/TEI

Dans PubMed, la présence d'un document disponible sur PubMed Central est signalé dans un élément ArticleId, inclus dans un élément ArticleIdList.

Exemple dans le document :The mental health of doctors during the COVID-19 pandemic.

<ArticleIdList>
  <ArticleId IdType="pubmed">32340645</ArticleId>
  <ArticleId IdType="doi">10.1192/bjb.2020.44</ArticleId>
  <ArticleId IdType="pii">S2056469420000443</ArticleId>
  <ArticleId IdType="pmc">PMC7322151</ArticleId>
</ArticleIdList>

Il apparait également dans la partie TEI :

<publicationStmt>
  <idno type="wicri:source">PubMed</idno>
  <date when="2020">2020</date>
  <idno type="RBID">pubmed:32340645</idno>
   <idno type="pmid">32340645</idno>
   <idno type="doi">10.1192/bjb.2020.44</idno>
   <idno type="pmc">PMC7322151</idno>
       ...
</publicationStmt>

Pour extraire ces éléments dans un script, on peut faire :

HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/biblio.hfd \
  | SxmlSelect -g record/TEI/teiHeader/fileDesc/publicationStmt/idno@type=pmc/1 -p@g1

Voir aussi

Sur ce wiki 
Dans le réseau Wicri :

La page de référence « PubMed Central » est sur le wiki Wicri/Ticri.